數位發展部置部長1人，綜理部務，並指揮、監督所屬職員及機關；政務次長2人、常務次長1人，襄助部長處理部務；主任秘書1人。

組織下設有6個業務單位，分別為數位策略司、韌性建設司、資源管理司、數位政府司、數位國際司、資料創新司、6個輔助單位分別為秘書處、人事處、政風處、主計處、資訊處及法制處及2個三級機關資通安全署與數位產業署，監督1個行政法人機關為國家資通安全研究院，及主管3個財團法人分別為資訊工業策進會、電信技術中心及臺灣網路資訊中心。

本部組織架構圖